A exploração colonial deveria atender em primeiro lugar, aos interesses da metrópole, que muitas vezes não eram os mesmos da colônia. Por isso, a partir de meados do sec. XVIII, Portugal começou a enfrentar outro tipo de conflito: As revoltas dos colonos brasileiros.
Podemos agrupar essas revoltas em dois conjuntos:
Rebeliões sem objetivo de separação política - reúne as rebeliões que não pretendiam separar Brasil de Portugal. Queriam apenas modificar aspectos da dominação portuguesa, reformar elementos do Pacto Colonial, retirar entraves econômicos. Entre elas destacam-se: Revolta de Vila Rica (1.720); Revolta de Beckman (1.684) e Guerra dos Mascates (1.710).
Rebeliões com objetivo de separação política - nesse grupo estão rebeliões que desejavam separar o Brasil de Portugal. Queriam romper o Pacto Colonial e proclamar a independência política do Brasil. Entre elas destacam-se: Inconfidência Mineira, também chamada de Conjuração Mineira (1.789); Conjuração Baiana (1.798) e Conjuração Carioca ( 1.794).